داستان بازی The 3rd Birthday در منهتن (یکی از منطقه های شهر نیویورک) اتفاق می افتد. هیولاهایی به نام Twisted به این شهر حمله کرده اند و همه چیز را نابود کرده و از بین برده اند. بازی با به نمایش درآوردن یک CG بسیار زیبا شخصیت اصلی بازی که آیا بریا (Aya Brea) نام دارد را معرفی می کند.
دختری که نقش اصلی این سری از بازی ها بوده و بازیکنان قدیمی او را از کنسول PSone به خاطر دارند. اما شخصیت اصلی بازی بر خلاف سایر بازی های دیگر به طور ناخواسته وارد این اتفاقات می شود. گروهی به نام Counter Twisted Investigation پس از حمله این هیولاها مأمور می شوند که مردم را نجات دهند.
یکی از این نجات یافتگان Aya شخصیت اصلی بازی است. پس از این اتفاق، ماجراهای جالبی رخ می دهند و بازیکنان رفته رفته با Aya و قدرت های او آشنا می شوند تا اینکه همان قدرت ها باعث می شوند که او نقش نجات دهنده شهر را ایفا کند. او به وسیله دستگاهی به نام Overdrive System به گذشته فرستاده می شود تا بتواند جلوی این اتفاقات را بگیرد.
