بازی به دو بخش تقسیم می شود؛ یکی که در آن بازیکن seaQuest را در یک جهان پرسپکتیو ایزومتریک کنترل می کند و می تواند تجهیزات و سلاح بخرد و در ربع اقیانوس سفر کند و ماموریت های سبک تیراندازی اسکرول که در آن بازیکن باید با استفاده از مینی ساب ها، ربات ها به اهداف مختلفی دست یابد. و یک دلفین تعلیم دیده که ریه آبی پوشیده است. برخی از ماموریت ها ساده هستند و بازیکن را ملزم به استفاده از تنها یکی از کشتی های seaQuest می کند. برخی دیگر از بازیکن می‌خواهند از چندین مورد پشت سر هم استفاده کند. به عنوان مثال، ماموریتی در ربع اول اقیانوس وجود دارد که در آن بازیکن باید خدمه یک کشتی اکتشافی را که در یک غار زیرآبی به دام افتاده است نجات دهد و باید از زیردریایی های مسلح برای پاکسازی چندین غار قبل از ورود به غار استفاده کند. فقط مینی ساب که برای نجات پرسنل از زیرساخت های دیگر مجهز است. این ماموریت‌ها معمولاً شامل نبرد بین زیرمجموعه‌های کوچک بازیکن و واحدهای دزدان دریایی، اکو تروریست‌ها و سایر دشمنان می‌شود، اما اغلب اوقات بازیکن را ملزم به انجام نوعی کار غیر جنگی مانند عملیات نجات فوق‌الذکر می‌کند. .
