در داستان اصلی ما شاهد وجود دو کارکتر ثابت به نام های Tyson Rios و Elliot Salem می باشیم و به عنوان یک پیمانکار خصوصی در استخدام کمپانی به نام TWO می باشید . ماموریتی که آنها اعزام می شوند به کشور شانگهای برای ملاقات با رابطی به اسم JB است . پس از ملاقات با او پی می برند که JB برای SSC و همچنین Dalton کار می کند . ملاقات آنگونه که باید پیش نمی رود و JB آنها را به سمت محلی متروکه راهنمایی می کند که می توانند سلاح و تجهیزات جاسازی شده را استفاده کنند . گیم پلی بازی Army of Two The 40th Day تغییراتی را نسبت به نسخه ی قبل داشته است سلاح ها با قابلیت ارتقا دادن منوط به یک سلاح خاص نمی شود به عنوان مثال اگر شما قسمتی از سلاح در دست خود را آپگرید می کنید و بعدا از سلاحی دیگر استفاده کنید می توانید قطعه ی آپگرید شده را در سلاح جدید خود داشته باشید . همچنین می توانید سلاح افراد کشته شده را نیز بردارید که این عمل به ارتقا بخشیدن سرعت در قسمت شوتر بازی کمک می کند . گلوله از سطح های ضعیف نظیر چوب و ورق فلزی عبور می کند.
